С самых первых дней войны город превратился в арену ожесточённых боёв. Немецкое командование, учитывая стратегическое значение Новороссийска, безостановочно бомбило город. Он стал непреодолимой преградой на пути фашистких войск, прорывавшихся на Северный Кавказ. Осенью 1942 г. немцы вышли к берегам Цемесской бухты, захватили город и подошли к цементному заводу "Октябрь". Дальше им пройти не удалось. Более того, ни один немецкий корабль за время боёв не смог встать на причал в Цемесской бухте. Оборона Новороссийска, героическая 225-дневная эпопея защитников легендарной Малой Земли, отчаянный десант и освобождение города 16 сентября 1943 г. стали ключевыми военными операциями в битве за Кавказ.
За время боёв Новороссийск был разрушен до основания. Трудно было себе представить, что груда дымящегося искорёженного бетона ещё год назад была цветущим уютным городом... По определению государственной комиссии, разрушения составили 96,5%. Город нужно было строить заново. За заслуги перед Родиной, стойкость, мужество и героизм в 1966г. Новороссийск награждён орденом Отечественной войны первой степени, а в 1971 г. ему присваивают звание города-героя. 
В память этим событиям в городе возведены памятники и монументы, которых свыше 300, построены мемориальные комплексы, посвященные героям гражданской и Великой Отечественной войн, в которые включены сохранившиеся со времён войны окопы, траншеи, наблюдательные пункты. 
В боях за Новороссийск немеркнущей славой покрыли себя герои легендарной "Малой земли". 225 дней продолжались кровопролитные бои на этом плацдарме площадью в 30 километров. По этому клочку земли вели ураганный огонь десятки артиллерийских и минометных батарей. "Малая земля" приковала к себе крупные силы врага и сыграла большую роль в разгроме его войск в этом районе в 43г.  14 сентября 1973 года городу Новороссийску было присвоено звание "Города-героя".